ניכוי במקור של מס הכנסה מהווה קירוב טוב למדי של מס הכנסה שבו חייב העובד, אך לא תמיד הוא מדויק, משום שלא כל הקלות המס הן בסמכות המעביד, ולא תמיד ידועים למעביד כל פרטי ההכנסות של העובד. החישוב המדויק והסופי של המס נעשה על-ידי פקיד השומה בעקבות הגשת הדין וחשבון השנתי. כתוצאה מחישוב זה ייתכן שהנישום זכאי להחזר מס, כלומר להחזר מס עודף שנוכה ממנו בשלב הניכוי במקור. 

יועצי מס שונים מציעים לעובד שירות של החזר מס (באמצעות הגשת דין וחשבון שנתי) בטכניקה שמבטיחה לעובד שלא יפסיד: אם בעת מילוי הדו"ח יתברר שהעובד אינו זכאי להחזר מס - לא תגבה ממנו עמלה, ואם יתברר שהוא זכאי להחזר מס - ישלם על כך עמלה בגובה 20% מההחזר.

מדריך להגשת בקשה להחזר מס, באתר רשות המסים